En 1805, la península itálica fue gobernada por Eugène de Beauharnais, hijastro de Napoleón, en calidad de virey, fijando su residencia en el cercano Palacio del Quirinal.

Este convirtió el convento de San Carlino en cuartel del Ejército Imperial y la iglesia en su caballeriza. Fue un trágico episodio histórico de menoscabo del arte y profanación de lo sacro.

El 20 de septiembre de 1870, las tropas de asalto del ejército de la reunificación de Garibaldi irrumpieron en Roma abriendo una brecha en la muralla Aureliana junto a la Porta Pía.

Los ‘bersaglieri’ conquistaron Roma pasando frente a San Carlino. El Papa Pío IX se refugió tras la muralla Leonina que circunda el Vaticano y se declaró prisionero dentro de la misma. La situación perduró hasta la firma de los Pactos Lateranenses, el 11 de febrero de 1929, que posibilitaron la creación del estado soberano de la Ciudad del Vaticano.

Durante la Segunda Guerra Mundial (1914-1918), el Papa Pío XII instó a las órdenes religiosas y al clero de Roma a acoger y esconder en sus conventos y demás edificios religiosos a judíos, a fin de preservarlos del genocidio nazi; él mismo los albergó en el Vaticano y en el palacio de Castelgandofo.

Siguiendo los dictados del Papa, San Carlino cobijó en su interior a una familia judía. La peligrosidad de la situación se agravaba con el hecho de que el edificio situado justo enfrente del convento era residencia de altos oficiales del ejército alemán.

Así pues, San Carlos de las Cuatro Fuentes, al igual que otros muchos conventos y residencias del clero de Roma, bien podría tener su árbol en el Jardín de los Justos de las Naciones de Jerusalén.

En la actualidad, la relación de la comunidad Trinitaria de San Carlino con el Estado italiano es mayormente de índole cultural, y en orden a conservar y poner en valor todo su patrimonio artístico.

Dicha relación se concreta, sobre todo, con la Superintendencia para los Bienes Artísticos y Culturales, una institución que desde hace varias décadas se ha volcado con San Carlino y que ha encontrado en la comunidad trinitaria unos colaboradores que han procurado estar a la altura de su responsabilidad como propietarios de tan insignes tesoros artísticos.