1198 – San Juan de Mata y San Félix de Valois fundan la Orden de la Santísima Trinidad y de los Cautivos en Cerfroid (Francia), gracias a la bula de aprobación del Papa Inocencio III, quien les dona la iglesia dedicada a Santo Tomás in Formis en Roma, en la colina del Celio, entre el Coliseo y la Basílica de San Juan de Letrán.

Siglo XIV – Tras la expansión de la Orden durante la Edad Media por Francia, España, Portugal, Inglaterra, Escocia, Italia y Oriente Medio, la situación sociopolítica y eclesial, incluido el Cisma de Occidente, frena su crecimiento, muchos religiosos fallecen y los bienes son expropiados, incluido Santo Tomás in Formis.

Siglo XVI – San Juan Bautista de la Concepción acomete la reforma de la Orden, originando la Orden de los Trinitarios Descalzos.

1599 – El Papa Clemente VIII da validez eclesial a la Congregación de los hermanos reformados y descalzos de la Orden de la Santísima Trinidad. Ese mismo año nace Francesco Castelli, conocido por la historia como Francesco Borromini.

1612 – En Roma, en la colina del Quirinal, cerca de la residencia de verano del Papa, en una encrucijada ornamentada con cuatro fuentes artísticas, se erige un convento para los trinitarios descalzos. San Carlino se convierte en la sede del Procurador ante la Santa Sede.

1631 – El Papa Urbano VIII aprueba la Orden de Descalzos de la Santísima Trinidad, Redención de Cautivos, como una entidad religiosa independiente de los trinitarios de la antigua observancia. Si bien los Ministros generales residirán en Madrid y los capítulos generales se celebrarán en España, San Carlino será la casa del Procurador general.

1634 – Los religiosos trinitarios encargan a Borromini la construcción de su nueva casa reformando el pequeño convento que tenían en el Quirinal; la obra se realiza bajo el patronazgo del cardenal Francesco Barberini, que vivía en un palacio cercano. El templo se dedica a San Carlos Borromeo, cardenal italiano canonizado unos años antes. San Carlos de las Cuatro Fuentes será una de las piezas maestras de la arquitectura del Barroco.

1635 – Se empieza a construir el claustro y el convento, incluida la biblioteca.

1638 – Se inicia la construcción de la iglesia.

1644 – Finaliza la construcción del claustro, la iglesia y el convento, y se inicia la fachada.

1667 – Fallece Borromini; las obras son continuadas por su sobrino Bernardo Borromini.

1680 – Se termina la decoración de la fachada y el campanario, además de la remodelación de algunos espacios.