Bajo la iglesia de San Carlino se conserva una bella cripta diseñada por el mismo Francesco Borromini.

Al igual que la mayor parte de las criptas de las iglesias, el hipogeo de San Carlino poseía una finalidad estructural, como cimentación de la iglesia y para preservarla de humedades.

Pero también una razón funcional: como camposanto. Durante muchos siglos existió la costumbre eclesial y social de enterrar a los difuntos en las iglesias o en torno a ellas, hasta que a finales del siglo XVIII, por razones sanitarias, se vio la necesidad de enterrar en cementerios situados fuera de las ciudades y en descampados. La cripta de San Carlino se utilizó como camposanto hasta la época napoleónica.

Desde el punto de vista estructural, la cripta de San Carlino llama la atención por coincidir exactamente con la planta del templo superior y, por ello, al carecer del trampantojo del diseño de la iglesia, evidencia claramente la reducida superficie de esta.

Asimismo, al igual que la iglesia superior, en las paredes laterales de la cripta están dispuestas, figurativamente, las ‘cuatro fachadas’ que miran hacia el interior: cuatro vanos en forma de puerta, flanqueados por sendos nichos que dan sensación de ventana.

También llama la atención la entrada a la cripta, en la que el vano rectangular y estático queda ‘seccionado’ por la estructura circular y dinámica de la escalera de caracol volada de acceso.

La cripta está techada por una cúpula de muy difícil elaboración, al ser una estructura muy rebajada y con lunetas, a la vez que descansa sobre paredes no rectilíneas. Solo la pericia de Borromini pudo sortear la dificultad que comportó dicha construcción con los materiales de aquella época.

En la cripta se conserva un habitáculo que Borromini diseñó como su sepultura. Pero dada su trágica muerte, fruto de una larga agonía tras un intento de suicidio fallido, decidió no utilizar la cripta de San Carlino, su gran obra arquitectónica, y prefirió ser enterrado junto a Carlo Maderno, su lejano pariente, gran amigo e insigne maestro.

Se trata de una estancia reducida, techada por una pequeña cúpula e iluminada por un tragaluz, que permite el paso de la claridad desde la fachada lateral del convento.